Naturhistorische Abteilung

Verborgene Schätze
Der Besucher der naturhistorischen Abteilung bekommt in den Ausstellungen längst nicht alles zu sehen. Viele Schätze lagern in rund 600 Schubladen und in den beiden Depots. Darunter befinden sich viele Präparate und Objekte aus der Sammlung von Hermann Fischer-Sigwart, dem ersten Konservator der naturhistorischen Abteilung.

Archäologie
Der Zofinger Bürger Johann Rudolf Suter (1789–1875), Rotfärbereibesitzer, Oberstleutnant, war Besitzer eines Grundstücks des im Kanton Luzern liegenden Wauwilermoos und hat Mitte des 19. Jahrhunderts mit dem Torfabbau begonnen und ist auf Reste einer Pfahlbauer-Siedlung gestossen. Die im Besitz des Museums befindlichen Objekte stammen zum grössten Teil aus der Grabung von 1859. Weitere Objekte aus dem Inkwiler-, Burgäschi- und Sempachersee sowie aus dem Egolzwilermoos, aus Lüscherz und aus der Dordogne (Frankreich) ergänzen die Sammlung.
Standort: Depot und Ausstellung

Geologie
In dieser Beziehung ist die naturhistorische Abteilung steinreich. Unzählige Schubladen sind gefüllt mit Steinen aus den Sammlungen Hermann Fischer-Sigwart und Eugen Durnwalder. Speziell zu erwähnen ist die Sammlung der Gesteine aus dem Ausbruch des Hauensteintunnels von Kilometer 0 bis Kilometer 5620 und aus dem naheliegenden Jura sowie aus der ganzen Schweiz. Erze wie Eisenerz, Bleierz, Kupfererz, Zinkerz und Kobalterz, das in der Schweiz abgebaut wurde, ergänzen die Sammlung.
Standort: Depot und Ausstellung

Mineralogie
Die Sammlung umfasst Exponate aus dem Reich der faszinierenden Mineralien. Nebst Edel- und Halbedelsteinen befinden sich unzählige weitere besonders schöne Stücke in der Sammlung.
Standort: Depot und Ausstellung

Botanik
Nebst Versteinerungen von Pflanzenresten befinden sich in der Sammlung ca. 800 Herbarblätter von Kaspar Eduard Schindler-Trümpy (1828–1907), Glarus und ca. 200 Herbarblätter von Conrad Roth. K. E. Schindler war Ratsherr, Oberrichter und Kantonsarchivar und sammelte die vielen Pflanzen in den Jahren 1860 bis 1900 in der Gegend von Glarus und dem oberen oberer Zürichsee.
Standort: Depot und Ausstellung

Paläontologie
Zahlreiche Schubladen sind gefüllt mit Funden aus der Jurazeit von vor rund 145 Millionen Jahren. Die meisten Stücke sind aus der Sammlung von Hermann Fischer-Sigwart und wurden von Eugen Durnwalder (Konservator von 1925–1980) neu geordnet. Ein besonders schönes Stück ist die Versteinerung eines Thrissops salmoneus AGASSIZ, ein naher Verwandter der Gattung Leptolepsis aus dem bekannten Solnhofen (D). Daneben umfasst die Sammlung unzählige Ammoniten, Seesterne, Haifischzähne, Muscheln und vieles mehr.
Standort: Depot und Ausstellung

Säugetiere
Das zweiköpfige Kalb und das Moschustier sind die einzigen grösseren Tiere. Hingegen sind die kleineren wie Fuchs, Hase, Dachs, Iltis, Marder, Biber, Fischotter und andere in der Ausstellung zu finden.
Standort: Depot und Ausstellung

Ornithologie
Diese Sammlung stammt ausnahmslos von Hermann Fischer-Sigwart. Die Präparate sind teilweise weit über hundert Jahre alt. In der Ausstellung sind sie nach Familien oder Lebensraum wie Haus und Garten, Wald, Bauernhof geordnet. Die Vogeleiersammlung umfasst rund 1800 Eier.
Standort: Depot und Ausstellung

Entomologie
Rund 170 Kästen umfasst die Sammlung der Schmetterlinge und Käfer. Sie wurden in den 1950er Jahren von Eugen Durnwalder teilweise aufgearbeitet und präpariert.
Standort: Depot und Ausstellung

Lebensnahe Kojen
Im 3. Stock des Museums befinden sich sogenannte Kojen, in welchen Säugetiere und Vögel in ihrer naturnahen Umgebung dargestellt sind.